Celem działania AEGEE jest promowanie zjednoczonej i wolnej od uprzedzeń Europy, podejmowanie wysiłków na rzecz otwartego i tolerancyjnego społeczeństwa, wspieranie demokracji, praw człowieka, tolerancji, promowanie współpracy ponad podziałami i granicami, mobilności oraz europejskiego wymiaru edukacji. Stowarzyszenie podejmuje różne działania, do których należą: organizowane przez lokalne oddziały AEGEE w całej Europie i w tym samym czasie, dni poświęcone jednemu tematowi (np. Dzień Akcji Socrates, Europejski Dzień Języków), wycieczki studyjne oraz badawcze, poświęcone takim zagadnieniom jak: demokracja, sprawy młodzieży, standard życia i nauki, nacjonalizm, kwestie mniejszości oraz projekty (np. Młodzież i Globalizacja, Tożsamość Europejska, Tolerancja-Akceptacja-Pokój). AEGEE organizuje również konferencje, seminaria i prowadzi wiele mniejszych projektów na szczeblu lokalnym w całej Europie.
W celu promowania współpracy międzynarodowej i niwelowania fizycznych i mentalnych barier, AEGEE została stworzona jako organizacja ponadnarodowa, działająca na dwóch poziomach: lokalnym, opartym na pracy wolontariuszy skupionych w 235 autonomicznych oddziałach (dzięki temu można w sposób bezpośredni i zgodny z oczekiwaniami lokalnych społeczności wdrażać idee propagowane przez organizację) i europejskim, na którym określane są ogólne ramy i kierunki działania dla oddziałów lokalnych a także powstaje platforma współpracy międzynarodowej dla wielokulturowych zespołów. W ten sposób członkowie grup lokalnych są bezpośrednio włączani w prace grup roboczych i komisji na poziomie ogólnoeuropejskim.